经历了浅红道馆一战后，小智一行人又开始前往下一个目的地——红莲道馆，在帮助拉拉美一族赢下比赛，在经历袋龙事件后，在野生原野区收服三十只肯泰罗后，穿过了暴风雨的单车路，遇到了伊布四兄弟，处理了椰蛋树军团等等的诸多事件，经过了漫长的旅行小智一行人来到了大傻谷这个地方。
“这些人是要干什么啊？大傻谷到底发生了什么事？”小智看着一大群人排着队向大傻谷前进，心里很好奇。随即扭头一看就看到了自己青梅竹马的小茂。
“不会吧，你不会连这种大事都不知道吧？小智。”小茂一副登山的装备，还拿了一把镐头。
“所以说到底发生了什么事？小茂你这幅打扮又是怎么回事？”小茂的出现已经极大的引起了小智的好奇了。
“因为这个地方已经发现了绝种的神奇宝贝化石，所以兴起了一阵寻找神奇宝贝化石的热闹。”小茂向小智解释了一下。
“小茂，小茂加油，小茂小茂一级棒。”小茂的女友团再一次为他加油。
“谢谢你们了，我的女朋友们，好了，不说了我的赶快去挖化石去了，不然可就被别人抢先了。”小茂不在搭理小智带着自己的女朋友们也开始往山赶。
“不如我们也去看看吧！绝种的化石神奇宝贝的化石唉！可是很少见的。“小智被小茂这么一说也有些意动了。
“好啊，说不定我们还能挖到块化石呢！这样我们就出名了。”小刚也是一脸向往的说道。
“我的天哪！好多的人啊！”来到山小霞看到如此之多的人已经在挖掘化石，不禁发出来感叹，毕竟这人数实在太多了。
“这也没办法啊！挖掘化石本来就很吸引人。”小智说着也开始了挖掘。
“成功了，我得到神奇宝贝化石了。”
小智刚开始挖掘不久就听到小茂的话，而随后传来的就是他那女友团称赞他的话。在专家分析过后，确认了小茂挖到的确实是化石，只不过是绝种神奇宝贝的排泄物形成的化石。
“不知道他们两个顺不顺利，按照以往他们两个的记录不知道可不可以挖到化石啊，也不知道这两个家伙靠不靠得住，喵。”喵喵坐在一块石头，一脸担忧的说着。而小智三人刚从小茂哪里离开就听到了喵喵的话。
“……”（火箭队台词略）
“我打，我打，说那些话一点用也没有，炸弹装好了没有。”喵喵拿着锤子给了武藏小次郎一人一下，边打边说。
暴脾气的武藏被打后直接抢过喵喵的锤子，反手一锤将喵喵打进岩石。“你在干什么啊！炸弹我们当然装好了。”
“就是啊，只要炸掉这一带的岩盘，化石神奇宝贝的化石就是我们的了。”小次郎也是一信心的说道。
“你们想用炸药炸掉大傻谷啊！”小霞听到火箭队的话立即告诉了小智他们。
“这样的话在下面挖掘化石的人都会遭殃的。”小刚也说到。
“好了，我去阻止他们！小霞，小刚你们快去把这个消息告诉大家，让大家快点逃走。”小智急忙跑向了火箭队。
在听到小智的话后，小霞他们就迅速厉害前去通知众人，而小智来到的时候，喵喵正准备点燃引线。
“这下子神奇宝贝化石就全是我们的了。”喵喵一脸兴奋的说道。
“住手火箭队。”
“又是你小鬼头，你又要来阻止我们的好事吗？”武藏说道。
“不过可惜已经太迟了。喵。”说着喵喵侧开了身，身后是已经燃烧过半的引线。
“可恶，杰尼龟，使用水枪。”小智放出了杰尼龟，让他用水枪浇灭引线的火。
”出来吧，阿柏怪。”“去吧，双弹瓦斯。阻止杰尼龟。”
在火箭队的干扰下，炸弹最终还是爆炸了。小智和火箭队掉入了爆炸产生大洞里，被炸碎的岩石也迅速将洞口给封住了。小霞，小刚通知完人后就看到了小智掉落地洞里面，被埋了起来。小霞，小刚还有遗留在外面的杰尼龟快速开始挖掘，想尽早将小智救出来。
而在地洞里面的小智和火箭队三人组在醒来后发现自己被埋在地洞里，开始互相埋怨起了对方。
“皮卡，皮卡。”（小智快看那。）“怎么了吗？皮卡丘。我的天，怎么会这样。”小智随着皮卡丘手指着的方向一看，当即傻眼了，出现在他们面前的是化石盔，镰刀盔，菊石兽，多刺菊石兽，都是已经确定灭绝的神奇宝贝。
“好唉，得来全不费工夫，就让我们把他们全部捉住送给老大吧！然后就是升职加薪，好棒的感觉。”武藏说着已经让阿柏怪开始了进攻。
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